Фамилия Сипугин образована от прозвища Сипуга. В основе лежит диалектный глагол «сипеть» или «сипнуть» — говорить хрипло, с хрипотой. Прозвище Сипуга давали человеку с сиплым, хриплым голосом, либо тому, кто постоянно простуженно кашлял. В говорах слово «сипуга» могло относиться и к самому звуку — хриплому выдоху, кашлю. Таким образом, фамилия указывает на внешнюю, легко узнаваемую особенность предка.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Сипугин — «сын Сипуги», «потомок Сипуги». Это типичная модель русских фамилий, образованных от прозвищ или нецерковных имён с окончанием на -а/-я. В этом плане Сипугин стоит в одном ряду с фамилиями Хрипунов, Шипунов, Шептунов — все они связаны со звуками, которые издаёт человек.

Встречается фамилия в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где диалектная лексика сохраняла такие слова. В письменных источниках XVII–XVIII веков могли фиксировать крестьян и посадских людей с этим прозвищем, но массовых списков именно Сипугиных не сохранилось.

Иногда фамилию ошибочно связывают с названием птицы «сипуха» (разновидность совы). Но в русском языке слово «сипуха» появилось поздно, из научной зоологической терминологии, и не могло стать основой для народного прозвища. Версия с сиплым голосом гораздо правдоподобнее и подтверждается живыми говорами.

Других однокоренных фамилий, например Сипугов или Сипухин, практически не встречается — это делает Сипугина довольно редкой и локальной фамилией.