Фамилия Сипкин чаще всего происходит от имени, а не от прозвища. В основе лежит народная форма Иосифа — Сипа или Сипка. Полное имя Иосиф в переводе с древнееврейского означает «божья награда», но в повседневной речи оно сокращалось до коротких вариантов Осип, Есип, а затем и до ласкательного Сипа. От этого уменьшительного имени и образовали фамилию с типичным русским суффиксом -ин, который отвечает на вопрос «чей?» и указывает на родство: Сипкин — сын Сипки.

Существует и вторая версия, связанная с прозвищем. Её сторонники возводят основу к глаголу «сипеть». Тогда Сипкой называли человека с сиплым, хриплым голосом — например, простуженного или того, кто много кричал на работе. Однако у этого прозвища есть и более резкое значение. В диалектах слова «сип», «сипа», «сипач» употребляли по отношению к грубому невеже, необразованному мужику. Такое прозвище могло закрепиться за человеком с тяжёлым характером или простым деревенским нравом.

Какая версия правдоподобнее? Именная выглядит убедительнее. Отчества и фамилии от уменьшительных форм крестильных имён — массовое явление в русской ономастике. Имя Иосиф было широко распространено, а его производные дали множество фамилий: Осипов, Есипов, Сипкин. Прозвищная версия тоже имеет право на существование, но она объясняет лишь единичные случаи, тогда как именная охватывает целый пласт родственных фамилий.

Интересно, что фамилия Сипкин органично вписывается в ряд однокоренных образований: Сипатов, Сипягин, Сипченко. Все они так или иначе связаны с той же основой, что лишний раз подтверждает её популярность в народной речи. В любом случае, носитель фамилии может выбирать ту историю, которая ему ближе: либо предок носил имя в честь библейского Иосифа, либо отличался хриплым голосом или суровым нравом.