Фамилия Сыпкина женская, мужской вариант — Сыпкин. Она образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от основы, оканчивающейся на согласный, с помощью суффикса -ин. Это указывает на принадлежность предка-мужчины: Сыпка → Сыпкин → «чей?» — сын или потомок Сыпки.

Основа фамилии — прозвище Сыпка. Его происхождение может быть связано с диалектным глаголом «сыпать» в прямом или переносном смысле. В северных и сибирских говорах «сыпка» — это деревянное ведро или кадка, в которой сыплют муку или зерно. Прозвище мог получить мельник, крестьянин, занимавшийся обмолотом, или просто человек, который вечно что-то просыпал. В переносном значении «сыпка» — быстрый, торопливый человек, который говорит скороговоркой или делает всё наспех, «сыплет словами».

Другая, менее вероятная версия выводит Сыпку от уменьшительной формы крестильного имени Сипко (Сипка) — народного варианта имени Иосип (Иосиф). В этом случае звук «с» мог заменить «си» в безударной позиции. Однако эта гипотеза слабее: фамилия Сыпкин встречается в основном в центральных и южнорусских регионах, где прозвищная модель от бытового слова более типична. В словаре Б. Унбегауна подобные фамилии на -ин от прозвищ, связанных с действиями, рассматриваются как обычные для крестьянской среды.

Фамилия не относится к дворянским или старинным княжеским родам. Скорее всего, её носители — потомки крестьян или посадских людей, получивших прозвище по роду занятий или особенностям характера. В современной России Сыпкины встречаются в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает связь с хозяйственной деятельностью: в аграрных регионах прозвища от орудий труда давали часто.