Фамилия Сисей — редкая и неочевидная. В ней нет привычного для русского уха суффикса -ов, -ин или -ский, поэтому сразу понятно: перед нами не исконно русская крестьянская фамилия, а скорее всего, заимствованная или искусственно созданная в позднее время. Самая вероятная версия — греческое происхождение. В греческом языке есть имя Сисой (Σισόης), которое в русской традиции иногда записывали как Сисей или Сисей. Это имя носил один из христианских святых — преподобный Сисой Великий, египетский пустынник V века. Фамилия могла возникнуть в среде духовенства или в греческих поселениях на юге России (например, в Крыму или Приазовье), где имя Сисой было распространено как монашеское.

Менее вероятная, но возможная версия — тюркская основа. В некоторых тюркских языках есть корень «сис» или «сыйыс», означающий «уважение», «почет». Однако такая фамилия не встречается в массовых тюркских фамильных моделях, и эта гипотеза остается слабой. Если бы фамилия была тюркской, она скорее имела бы окончание -ов или -оглы, чего нет.

Словообразовательная модель проста: фамилия образована напрямую от имени без дополнительных суффиксов. Это характерно для фамилий, которые фиксировали в документах уже в XIX веке, когда греческие имена записывали в русской транскрипции. В некоторых случаях встречается вариант Сисоев — с русским патронимическим суффиксом, но форма Сисей осталась более редкой.

Географически фамилия Сисей встречается в основном в южных регионах России, а также среди потомков греческих переселенцев в Причерноморье. В центральных областях она практически неизвестна. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии могли быть записаны как мещане или купцы греческого происхождения, но не как крестьяне.

В современной России фамилия Сисей остается крайне малочисленной. Если вы ее носите, то, скорее всего, ваши предки либо были связаны с греческой диаспорой, либо получили фамилию через духовное сословие, где имя святого перешло в фамилию по обычаю семинаристов.