Фамилия Сисун — редкая и неоднозначная по происхождению. В отличие от большинства русских фамилий, она не имеет очевидного суффикса -ов/-ев, -ин или -ский, что сразу наводит на мысль об иноязычной основе или прозвищном происхождении.

Самая вероятная версия связывает фамилию с украинским или южнорусским диалектным словом «сисун». В говорах так называли грудного младенца или детёныша, который сосёт молоко (от глагола «сисать» — сосать). Прозвище Сисун могли дать капризному, избалованному ребёнку, либо, в переносном смысле, взрослому человеку, который ведёт себя по-детски или слишком зависим от материнской опеки. Такие прозвища нередко становились фамилиями без дополнительных суффиксов, особенно на территориях, где была сильна украинская ономастическая традиция.

Менее распространённая, но возможная версия — тюркские корни. В некоторых тюркских языках «сис» или «сыс» означает «туман», «мгла», а суффикс -ун мог образовывать прилагательное или прозвище. В этом случае Сисун — человек «туманный», угрюмый или скрытный. Однако эта гипотеза слабее, так как не подтверждается устойчивой антропонимической моделью у тюркских народов.

Географически фамилия встречается в основном на западе и юге России, а также в Беларуси и на Украине — как раз в зоне распространения диалектного «сисать». Встречаются варианты написания Сысун, что ещё больше сближает фамилию с указанным глаголом.

Социальный контекст прост: носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды, где прозвища давались по яркой бытовой черте. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современной России фамилия остаётся малочисленной, что делает её особенно интересной для тех, кто хочет проследить именно прозвищный пласт русских фамилий, а не стандартную «патронимическую» модель.