Фамилия Сисян — редкий случай, когда её происхождение лежит на поверхности, но требует географической привязки. В русской ономастике она явно не исконная, а пришлая, и её корни уходят в армянскую или тюркскую среду.

Скорее всего, в основе фамилии лежит армянское мужское имя Сисак (вариант — Сис). Суффикс «-ян» — классический патронимический показатель в армянском языке, означающий «принадлежащий к роду», «сын такого-то». Таким образом, Сисян — это русифицированная форма армянской фамилии, которая первоначально звучала как Сисакян или Сисян и означала «потомок Сисака». Имя Сисак в армянской истории известно: так звали одного из легендарных прародителей, от которого пошёл род Сюни, владевший областью Сюник.

Вторая, менее вероятная версия — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках «сис» или «сися» может означать «набухать», «опухать» или быть частью прозвища, связанного с внешностью. Но в этом случае фамилия должна была бы оформиться с русским суффиксом («Сисян» — как «Сисянов»?), что маловероятно из-за нехарактерности такого перехода. Армянская гипотеза объясняет и форму, и суффикс без натяжек.

Географически фамилия Сисян встречается в основном на юге России, в Краснодарском и Ставропольском краях, а также в Ростовской области — регионах с исторически крупными армянскими общинами. Носители фамилии, скорее всего, потомки армян, переселившихся из Крыма или Закавказья в XVIII–XIX веках. Сословной принадлежности по фамилии не определить: её могли носить и крестьяне, и купцы, и духовные лица. Единственное, что можно сказать с уверенностью — предки носителя этой фамилии были армянами по происхождению, а сама фамилия хранит память о родоначальнике по имени Сисак.