Фамилия Сисягин — редкий и неочевидный случай. На первый взгляд она кажется производной от просторечного слова «сиська» (грудь), но в русской ономастике такое прямое толкование почти всегда ошибочно. Прозвища по частям тела в принципе существовали (Нос, Губа, Лоб), но они образовывали фамилии через суффиксы -ов/-ев (Носов, Губин, Лобов). Суффикс -ягин в этой модели нестандартен, и это подсказывает, что основа другая.

Скорее всего, Сисягин восходит к неканоническому имени или прозвищу Сисяга. В русских говорах «сися» — не только грудь, но и утка, а также шишка, нарост на дереве. В тверских и псковских диалектах «сися» означало «сосулька» или «капля». Прозвище Сисяга могли дать человеку с каким-то внешним признаком (например, с шишкой на голове или с каплевидной родинкой), либо по поведению — капризному, «сосущему» ребёнку.

Суффикс -яга в русских фамилиях встречается редко, он характерен для северных и сибирских говоров (сравните: Теляга — Телягин, Коряга — Корягин). Это указывает, что фамилия могла сформироваться в северных регионах России, возможно, в Архангельской или Вологодской губернии. Там же слово «сися» употреблялось в значении «мокрый снег» или «слякоть» — прозвище Сисяга могло достаться человеку, вечно ходившему в грязи или работавшему в сырости.

Версия с уткой тоже имеет право на жизнь: в некоторых говорах «сися» — подзывное слово для домашней птицы. Прозвище Сисяга могли дать за характерную походку или голос. Но это менее вероятно, так как фамилии от кличек животных обычно образуются через суффикс -ин (Уткин, Гусин), а не -ягин.

Сословная принадлежность Сисягиных, скорее всего, крестьянская или посадская. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, и её редкий суффикс говорит о позднем оформлении — скорее всего, в XVIII–XIX веках. Единственное, что можно сказать наверняка: фамилия не имеет отношения к интимной анатомии, а её корни лежат в диалектной лексике Русского Севера.