Фамилия Сисяков образована по распространённой славянской модели: от личного прозвища или имени (христианского или языческого) с помощью притяжательного суффикса -ов. Такой тип фамилий, отвечающих на вопрос «чей?», то есть «сын такого-то», широко представлен в ономастике восточных, западных и южных славян, что делает её частью большой общеславянской традиции имянаречения.

В основе фамилии лежит прозвище или некалендарное имя Сисяк. В древнерусской среде подобные именования часто давались не в обиду, а как оберег или бытовая характеристика. Наиболее правдоподобная версия связывает основу с диалектным словом «сися», которое в разных говорах означало либо нечто маленькое, либо, в переносном смысле, человека с определённой внешностью или манерой поведения. Менее вероятно, но нельзя исключать связь с глаголом, обозначавшим шипение или свист — так могли прозвать человека с характерным голосом.

Суффикс -ак, а затем и -ов, указывает на принадлежность: Сисяк — это глава семьи, а Сисяковы — его домочадцы и потомки. Такая словообразовательная цепочка типична для фамилий, возникших в северорусских и поволжских землях, где прозвищные именования на -ак встречались особенно часто. Со временем прозвище закрепилось за родом и перешло в разряд наследственных фамилий, что обычно происходило к XVII–XVIII векам.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к церковным святцам — в православном календаре имени Сисяк нет. Это ещё раз подтверждает, что перед нами чисто мирское, бытовое прозвание, каких было множество в крестьянской и посадской среде. Носители фамилии, скорее всего, происходят из простого сословия: их предки могли быть крестьянами, ремесленниками или служилыми людьми, получившими прозвище от односельчан.

Сегодня фамилия Сисяков встречается редко и воспринимается как неблагозвучная из-за случайного созвучия с просторечной лексикой. Однако в момент своего возникновения она звучала естественно и ничем не выделялась среди тысяч подобных прозвищных фамилий. Как и многие другие родовые именования, она сохранила память о живом народном языке, который не всегда следовал нормам книжной речи.