Фамилия Ситикенов — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает тюркскую основу. На слух она воспринимается как русская фамилия с суффиксом -ов, и это верно: суффикс указывает на принадлежность («чей?» — сын Ситикена). Но корень здесь не русский и не крестильный. Скорее всего, в основе лежит мужское имя или прозвище Ситикен, которое образовано от тюркского слова «ситик» или «сетик» — так в некоторых тюркских языках называют утку, чирка или другую водоплавающую птицу. Суффикс -кен в таких именах часто придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок, так что Ситикен могло означать «утёнок» или «маленькая уточка». Прозвища по птицам — обычное дело для кочевых и полуоседлых народов, где меткое слово закреплялось за человеком за сходство в походке, голосе или внешности.

Менее вероятна, но возможна связь с арабским «сиддик» (правдивый, верный). Однако переход «дд» в «т» и появление суффикса -кен потребовали бы длинной цепочки искажений, что делает эту версию натянутой. Фамилия Ситикенов почти наверняка имеет казахское, ногайское или башкирское происхождение. В документах XVIII–XIX веков такие имена встречаются среди оренбургских казаков и башкир — многие из них принимали православие, а их имена русифицировались через добавление фамильных суффиксов.

Географически фамилия сегодня встречается в основном в Оренбургской области, Башкортостане и у оренбургских казахов. Носителей мало, что подтверждает её локальное, а не массовое происхождение. В отличие от фамилий на -ов от русских имён (Иванов, Петров), Ситикенов сохраняет в себе память о степном прозвище, которое когда-то дали предку — возможно, ловкому охотнику или человеку с тихим, «утиным» нравом.