Фамилия Скалэный — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, а корень прозрачен, но неочевиден. Она образована от прозвища или прилагательного «скалэный» — то есть «сделанный из скалы», «каменный». В украинском, белорусском и южнорусских говорах слово «скала» означает не только горную породу, но и камень, валун, а также крутой берег или утёс. Человек, получивший такое прозвище, мог быть крепким, несгибаемым, «твёрдым как скала», либо жить возле скалистого обрыва или каменистой местности. Иногда так называли каменотёса или строителя, работавшего с камнем.

Словообразовательная модель здесь необычна для русских фамилий. Суффикс -эный (-еный) в фамилиях встречается редко: он характерен скорее для украинской и белорусской традиции, где прилагательные на -эний (-ений) легко переходили в фамилии без дополнительных патронимических суффиксов. В русском языке такие фамилии чаще оформлялись бы как Скалов, Скалин или Скальский. Написание через «э» (а не «е») — скорее всего, графическая особенность, закреплённая в документах: в XIX — начале XX века в метрических книгах и ревизских сказках букву «ѣ» могли передавать по-разному, а фамилии с «э» фиксировали произношение, близкое к украинскому «скалэний».

Географически фамилия Скалэный тяготеет к западнорусским и украинским регионам — Черниговщине, Полтавщине, Харьковщине, а также к югу России (Кубань, Дон). В этих местах слово «скала» в значении «камень» было обиходным, а фамилии на -эный встречаются чаще, чем в центральных областях. Сословно носители могли быть как казаками, так и крестьянами или мещанами — прозвище не указывает на знатное происхождение, а скорее на характер или место жительства.

Единственная альтернативная версия — связь с польским «skała» (скала) и суффиксом -ny, что дало бы фамилию Скалны, но форма Скалэный явно восточнославянская, с типичной заменой «е» на «э» под ударением. Другие гипотезы (например, от немецкого «Skalen» или греческого «σκαληνός») не имеют под собой оснований — ни лингвистических, ни исторических.

Таким образом, Скалэный — фамилия-характеристика, прозрачная по смыслу, но редкая по форме. Она говорит о предке, которого окружающие называли «каменным» — то ли за твёрдость нрава, то ли за работу с камнем, то ли за жизнь среди скал.