Фамилию Сказченкова стоит разбирать в паре с мужским вариантом Сказченков, от которого она образована стандартным для русских фамилий способом — с помощью суффикса -а, указывающего на принадлежность женщине (чьей-то дочери или жене). В основе лежит прозвище, ремесло или географическое название, а не крестильное имя, что сразу сужает круг поиска.

Корень «сказк-» отсылает к слову «сказка» в его старом, не сказочном значении. В русских говорах и документах XVI–XVII веков «сказка» — это официальное показание, свидетельство, отчет, донесение. Сказки давали на допросах, при переписи населения, при отчете о службе. Отсюда «сказочник» — не только рассказчик историй, но и человек, который подавал сказки, то есть письменные показания или ведомости. В приказной среде так могли прозвать писца, подьячего или дьяка, составлявшего эти документы.

Модель образования через суффикс -енк(ов) указывает на украинское или южнорусское происхождение. Суффикс -енко (в русифицированной форме -енков) типичен для фамилий, сформировавшихся на землях бывшего Гетманщины, Слобожанщины и южных уездов России. Сказченков — это «сын Сказченка», где Сказченко — уменьшительная или сыновья форма от того же прозвища Сказка. То есть фамилия прошла двухступенчатую модель: сначала от прозвища Сказка образовали патроним Сказченко («маленький Сказка» или «сын Сказки»), а затем уже его русифицировали в Сказченков.

Регионально фамилия редкая. В дореволюционных справочниках и современных базах она встречается эпизодически, без плотного гнезда в одной губернии. Это говорит о том, что род был немногочисленным и не разросся в крестьянскую массовую фамилию. Возможно, предки были людьми служилыми или грамотными — приказными, мелкими чиновниками, казачьими писа́рями, где умение составить «сказку» было востребовано.

Другие версии — от прозвища Сказка в значении «выдумщик, враль» или от названия деревни Сказкино (такие есть в Тверской и Псковской областях) — менее вероятны. В первом случае фамилия с суффиксом -енков от прозвища с негативным оттенком встречается реже, чем от профессионального. Во втором — топонимическая версия не объясняет суффикс -енк-, который привязан к личному имени или прозвищу, а не к названию села.