Фамилия Сказченков образована от прозвища или нецерковного имени Сказка, а точнее — от его производной формы Сказко или Сказченко. Основа здесь прозрачна: слово «сказка» в древнерусском языке означало не только фольклорное повествование, но и официальное показание, свидетельство, а также перечень, опись. В писцовых книгах XV–XVII веков встречаются люди с прозвищем Сказка — так могли назвать говорливого человека, выдумщика, либо, наоборот, того, кто давал показания на суде или составлял переписные «сказки» (документы для переписи населения и земель). Второе значение, связанное с делопроизводством, не менее вероятно: предок Сказченковых мог быть писцом или подьячим, составлявшим такие «сказки».

Модель фамилии — типично русская, с суффиксом -ов, который присоединился к основе Сказченк-. Форма Сказченко — это украинская или южнорусская уменьшительная форма от Сказка (суффикс -енко, означающий «сын» или «маленький»). Таким образом, Сказченков — это «сын Сказченка», то есть внук или потомок человека по прозвищу Сказка. Фамилия указывает на украинские или южнорусские корни рода: в XIX веке носители фамилии фиксировались в Курской, Воронежской губерниях, а также в Слобожанщине. В центральных и северных областях России чаще встречается вариант Сказков — без украинского суффикса.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «скакать» (через диалектное «сказчить» в значении «прыгать, скакать»). Однако для этого потребовалось бы промежуточное прозвище Сказчун или Сказка, что менее логично, чем прямая связь с существительным «сказка». В ономастических справочниках, в частности в работах Б. Унбегауна, фамилии на -ченков рассматриваются как типичные для украинской ономастики, русифицированные через добавление -ов. Сказченков — наглядный пример такой адаптации: украинская фамилия Сказченко, попав в великорусскую среду, получила окончание -ов и стала восприниматься как исконно русская.