Фамилия Скиденко — яркий пример украинской модели фамилиеобразования на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась среди казачества и крестьянства Левобережной и Слободской Украины. Суффикс -енко исходно означал «сын» или «потомок», так что Скиденко — буквально «сын Скиды». Но что за имя или прозвище лежит в основе — вопрос с несколькими версиями.

Самая прямая гипотеза: основа Скид- восходит к украинскому глаголу «скидати» — сбрасывать, скидывать. Прозвище Скида могли дать человеку за манеру сбрасывать одежду, за резкие движения или за занятие — например, скидыванию сена с воза, снятию кожуры или даже за работу сбрасывальщика в шахте. Менее распространённая версия связывает фамилию с диалектным словом «скида» — скирда, стог сена. В таком случае Скида — прозвище крестьянина, который складывал сено в скирды, или человека плотного, коренастого телосложения, напоминающего стог.

В русском языке есть фамилия Скидин, образованная тем же корнем, но с другим суффиксом. Скиденко — однозначно южный вариант, закреплённый в украинской ономастической традиции. Географически фамилия чаще всего встречается в Черкасской, Полтавской и Киевской областях, реже — в южных регионах России, куда её принесли переселенцы.

Версия о связи с греческим словом «скид» (плоть, кожа) или с тюркским «скит» (кочевник) — маловероятна: ни в одном ономастическом словаре, включая работы Ю. Редько и И. Трипольского, таких параллелей не проводят. Имя Скид не фиксируется в православных святцах, так что это прозвище, а не каноническое крестильное имя. Таким образом, предок носителя фамилии Скиденко с высокой вероятностью был украинским казаком или крестьянином, получившим прозвище за характерное занятие или внешность, и это прозвище закрепилось за его потомками в форме отчества на -енко.