Фамилия Скипитис — редкая для России, но характерная для Литвы и латышского ареала. Её окончание -ис выдает балтийское происхождение: в литовском и латышском это типичный мужской суффикс именительного падежа, соответствующий русскому окончанию фамилий на -ов или -ин. Встречается она в основном у потомков литовцев или латышей, живших на территории бывшей Российской империи, а позже — в СССР.

Основа фамилии — прозвище или именование по занятию. Литовское слово skipitis (или skĭpytis) означает «скупец», «скряга». Скорее всего, фамилию дали человеку с соответствующим характером — бережливому до мелочей или подчеркнуто расчетливому. В балтийской ономастике такие прозвища, образованные от черт характера, не редкость: они фиксировали яркую особенность, по которой человека знали в округе.

Возможна и вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: связь с глаголом skėpti — «раскалывать», «расщеплять», или skepeta — «платок», «лоскут». В этом случае Скипитис мог быть прозвищем мастера, который колол дрова, щепу или работал с тканью. Однако лингвистически первая трактовка проще и прямее: слово skipitis в значении «скупец» зафиксировано в литовских диалектах, в то время как ремесленные значения требуют дополнительных словообразовательных допущений.

Суффикса -ит- в литовских фамилиях часто указывает на уменьшительность или принадлежность, но в данном случае он врос в основу: фамилия образована напрямую от существительного, а не от имени отца. Это значит, что Скипитис — не «сын Скипитиса», а сам носитель прозвища.

В XIX веке такие фамилии могли писаться и по-русски, и по-польски (Skipitis), но в метрических книгах и ревизских сказках их фиксировали на слух. Поэтому у фамилии нет вариантов с разными окончаниями — она сохранила балтийскую форму почти без изменений, что делает её хорошим маркером литовских или латышских корней.