Фамилия Скобинников — один из тех случаев, когда внешне громоздкая форма скрывает довольно конкретное ремесленное прозвище. Вопреки возможному впечатлению, она не связана ни со «скобой» (крестьянским инструментом), ни со «скобиной» (занозой), а восходит к слову «скобник» — так в старину называли мастера, делавшего скобяные изделия: дверные петли, замки, засовы, ручки и прочую металлическую фурнитуру. Профессия была востребованной, особенно в городах и крупных сёлах, где строили дома с железными дверями и ставнями.

Словообразовательная цепочка прозрачна: основа «скобник» (человек по роду занятий) плюс патронимический суффикс -ов, который в русских фамилиях указывал на принадлежность: «сын скобника». Затем к этой фамилии добавили ещё один суффикс — -ин, что для русского языка нетипично и создаёт двойное отчество. Такое наслоение суффиксов — редкая, но встречающаяся модель: фамилия могла возникнуть, когда у человека по фамилии Скобников родился сын, которого в быту начали называть Скобников сын, а затем это закрепилось как Скобинников. Либо, что правдоподобнее, первоначально прозвище Скобник уже имело форму Скобников (как указание на сына Скобника), а потом, при передаче по наследству, её «удвоили» для большей определённости.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, где скобяное ремесло было особенно развито из-за обилия леса и строительства. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Скобник, но сама фамилия Скобинников в документах встречается нечасто — она оставалась довольно редкой, что подтверждает её локальное, «гнездовое» происхождение.

Сословная принадлежность предков Скобинниковых, скорее всего, была крестьянской или мещанской, реже — купеческой, если ремесло перерастало в торговлю. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, поэтому её история — это история мастерового люда, а не аристократии.