Фамилия Скомороков образована от прозвища Скоморок. В основе лежит древнерусское слово «скоморох» — странствующий актёр, музыкант, певец и плясун, участник народных представлений. Скоморохи были заметным явлением в средневековой Руси, их искусство сочеталось с сатирой, за что их не раз преследовала церковь и светская власть. Прозвище Скоморок мог получить либо человек, сам промышлявший этим ремеслом, либо тот, кто отличался весёлым нравом, любил шутки и балагурство. Встречается и версия, что прозвище давали за внешнее сходство со скоморохом — например, за яркую, необычную одежду.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русских фамилий: сын Скоморока, то есть Скомороков. Это типичная патронимическая фамилия, массово закрепившаяся в XVI–XVII веках, когда прозвища отца переходили к детям без изменений. По той же модели возникли фамилии Скоморохов, Скоморошников — они однокоренные, но образованы от разных вариантов исходного слова. Скомороков встречается реже, чем распространённая Скоморохов, что может говорить о более узком ареале бытования или о диалектной форме прозвища.

В документах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с таким прозвищем в северных и центральных уездах России. Сословная принадлежность носителей фамилии была разной: от государственных крестьян до служилых людей. Дворянских родов Скомороковых в родословных книгах не зафиксировано, что указывает на происхождение из непривилегированных слоёв. Спорных версий у фамилии нет — корень прозрачен и хорошо изучен в ономастике, в частности у Б. Унбегауна и В. Никонова.