Фамилия Cкопенко образована от личного прозвища и относится к распространенному типу украинских фамилий. Фамилия Скопенко украинского происхождения (на что указывает суффикс -енко) восходит к прозвищу Скопа, в основе которого лежит нарицательное «скопа» — «разновидность сокола». Менее вероятно, что он был любителем соколиной охоты. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Скопа, со временем получил фамилию Скопенко.