Фамилия Скопенок — редкий пример того, как в основе прозвища лежит слово с очень конкретным, почти профессиональным значением. В отличие от большинства «птичьих» фамилий (Соколов, Воробьёв), здесь мы имеем дело не с самой птицей, а с её детёнышем. «Скопёнок» в русских говорах, особенно северных и сибирских, — это птенец хищной птицы, чаще всего ястреба-скопы (рыбного орла). Прозвище могли дать человеку за внешнее сходство: возможно, за острый взгляд, нос с горбинкой или цепкие руки. Вторая, более бытовая версия, связывает основу с глаголом «скопить» (копить, накапливать). В этом случае Скопенок — сын или потомок человека по прозвищу Скоп, то есть скопидома, бережливого хозяина, или, наоборот, скряги.

Суффикс -енок в русских фамилиях — отчётливый маркер северных и северо-западных земель (Новгородчина, Псковщина, Архангельская область). Эта модель образования фамилий (Скоп + енок) означает «сын Скопа» или «маленький Скоп». Она аналогична украинским фамилиям на -енко, но в русской традиции встречается гораздо реже и указывает не столько на отчество, сколько на прозвище отца, перешедшее к детям. Фамилия недворянская, однозначно крестьянского или мещанского происхождения — такие «полуотчества» на -енок закрепились в среде, где фамилии только начинали оформляться.

Стоит обратить внимание на ударение. В современном бытовании фамилия чаще звучит как Скопе́нок (с ударением на второй слог), но в диалектной речи предков ударение могло падать на первый слог — Ско́пенок, что ближе к исходному слову «ско́па». Разница в ударении — не ошибка, а отражение региональных произносительных норм. Встречается также вариант написания с одной «п» — Скопенок, но он менее распространён.

Однокоренные фамилии — Скопин, Скопцов, Скопов — более частотны, но все они восходят к тому же корню. Скопенок выделяется на их фоне именно редкой для русского языка суффиксальной конструкцией, которая сохранила память о прозвище в его уменьшительной, «детской» форме.