Фамилия Скопидонова — редкий пример фамилии, образованной от прозвища-глагольной фразы. В основе лежит повелительное наклонение «скопи» (от «скопить» — копить, собирать) и имя Дон (сокращение от Донат или река Дон). Получается буквально «Копи-Дон» или «Скопидон» — человек, которому дали прозвище за страсть к накоплению имущества, или, в ироничном смысле, за скупость.

Модель образования типична для русских фамилий на -ов/-ев, но сама основа необычна: это не имя и не профессия, а целое высказывание. Такие фамилии (Скопидом, Скопидонов, а также похожие по модели Сорвиголова, Подопригора) в народе давали за яркую, часто насмешливую черту характера. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Скопидонова, то есть потомок того самого Скопидона.

Версия о связи с рекой Дон менее вероятна, но не исключена. Если прозвище дали переселенцу, который «копил» земли или богатство на Дону, фамилия могла закрепиться за его семьёй. Однако в ономастике чаще встречается толкование от мирского имени Скопидом — так называли расчётливого хозяина, крестьянина, который умело вёл хозяйство, копил припасы.

Фамилия Скопидонова — женская форма, мужской вариант — Скопидонов. Встречается она редко, преимущественно в центральных и южных областях России. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, крестьянская или мещанская: прозвища такого типа давали в среде, где бытовая наблюдательность ценилась выше, чем книжные имена. Дворянских родов с этой фамилией в исторических источниках не зафиксировано.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Скопидомов, Скопидом) показывает, что вариант с «дон» мог возникнуть из-за народной этимологии: необычное слово «скопидом» переосмыслили как «скопи дон», то есть сделали более понятным для уха. Так фамилия получила второе, географическое звучание, хотя исходно она ничего не говорила о реке.