Фамилия Скорлуханова — женская форма, мужской вариант — Скорлуханов. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Скорлухан. Слово «скорлуха» в русских говорах означало скорлупу, твёрдую оболочку ореха или яйца, а в переносном смысле — человека сухого, замкнутого, «как в скорлупе». Суффикс -ан придавал прозвищу характерный оттенок: так могли назвать человека с ярко выраженным качеством (ср. «толстый» → «толстян», «грязный» → «грязнуха»). То есть Скорлухан — это не просто «тот, кто похож на скорлупу», а скорее «крепкий орешек», нелюдимый или прижимистый человек.

Образование фамилии типично для русского Северо-Запада и Поволжья: притяжательный суффикс -ов/-ев присоединялся к прозвищу, указывая на принадлежность роду Скорлухана. По модели это фамилия из числа «патронимических» (по отцу): Скорлуханов сын. Встречается преимущественно в Архангельской, Вологодской и Кировской областях — регионах, где диалектное слово «скорлуха» фиксируется в говорах, а суффикс -ан в прозвищах был особенно распространён.

Версия о связи с тюркскими корнями (например, от «скорлу» — «плохой» в некоторых тюркских языках) маловероятна: фамилия не имеет характерных тюркских суффиксов и распространена в зоне исконно русского расселения. Также не стоит путать её с фамилией Скорлупов (от «скорлупа») — в Скорлуханове иная словообразовательная модель, более архаичная, с уменьшительно-оценочным суффиксом -ух- (-уха), который в русских прозвищах часто давал пренебрежительный или шутливый оттенок (ср. «петух» → «Петуханов»).

В документах XVI–XVII веков подобные прозвища встречаются в писцовых книгах Русского Севера, но конкретных записей «Скорлухан» пока не обнаружено — фамилия редкая, не попавшая в массовые справочники. Её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: фамилии на -ов/-ев у непривилегированных сословий закрепились в основном к концу XVIII века. Сегодня Скорлухановы встречаются спорадически, без выраженного дворянского следа.