Фамилия Скорлыгина — женская форма фамилии Скорлыгин. Её ядро — прозвище или нецерковное имя Скорлыга. В русской ономастике это редкий случай, когда в основе лежит не профессия и не крестильное имя, а экспрессивная характеристика человека, связанная с движением или звуком.

Слово «скорлыга» диалектное. В говорах русского Севера и Сибири так называли либо скрипучий, резкий звук (например, скрип несмазанной телеги), либо неугомонного, суетливого человека, который «скорлыжит» — то есть издаёт неприятные звуки или мельтешит без толку. В словаре Владимира Даля есть глагол «скорлыжить» в значении «скрипеть, визжать, докучать». Таким образом, первый Скорлыга — скорее всего, человек с громким голосом, беспокойным характером или тот, кто работал с чем-то скрипучим (например, тележник, бондарь, плотник, чей инструмент издавал характерный звук). Вторая версия, менее вероятная, — от «скорлыга» как названия птицы (возможно, коростеля или дергача), но она не находит надёжного подтверждения в диалектных источниках.

Суффикс -ин в фамилии Скорлыгин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Скорлыги». Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён на твёрдый согласный, -ин закрепился за основами с мягким или шипящим окончанием. Фамилия Скорлыгин — севернорусского происхождения: в переписных книгах XVII века следы прозвища встречаются в Вологодской и Архангельской губерниях. В современных телефонных справочниках носители фамилии Скорлыгины по-прежнему сконцентрированы на Русском Севере, особенно в Архангельской и Кировской областях.

Однокоренных фамилий в русском языке немного: Скорлыгин стоит особняком. Родственны ему по модели образования разве что фамилии вроде Скрипицын или Визжалов — все они образованы от глаголов со значением звука. Но Скорлыгин выделяется тем, что его основа почти не сохранилась в живой речи: слово «скорлыга» вышло из употребления, и фамилия осталась его единственным памятником.