Фамилия Скрепель — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от массы фамилий на -ов и -ин, она сохранила «голую» основу, без типичного русского суффикса принадлежности. Это сразу указывает на одну из двух моделей: либо перед нами прозвище, которое стало фамилией без изменений (как Соловей, Голубь), либо фамилия, записанная в польской или украинской традиции, где суффикс -ель встречается чаще.

Самое прямое объяснение лежит в диалектном глаголе «скрепать» или «скрепить» — то есть скреплять, соединять, сшивать. В таком случае Скрепель — это прозвище мастера, который занимался скреплением: бондаря (стягивал обручи на бочках), переплётчика (сшивал книги) или даже портного, который «скреплял» ткань. Корень «скреп-» родствен слову «скрепа» — металлическая или деревянная связка, скоба. Прозвище могли дать человеку крепкому, надёжному, «скрепляющему» семью или дело.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с польским словом «skrzep» (сгусток, запёкшаяся кровь). Тогда прозвище Скрепель могло относиться к человеку с тяжёлым, «сгущённым» характером или, что грубее, к тому, кто получил увечье. Однако эта версия слабее: для прозвищ ремесленного типа больше оснований, и они лучше вписываются в русскую и восточнославянскую ономастику.

Фамилия встречается в основном на западе России, в частности в Псковской области и на границе с Белоруссией, что подтверждает её западнорусское или белорусское происхождение. В некоторых переписях XIX века фигурируют Скрепели из крестьян, что говорит о простонародной среде, где фамилии часто закреплялись за одним родом именно по профессии или прозвищу.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Скрепнев, Скрепков — показывает, что форма без суффикса (Скрепель) архаичнее. Обычно такие «чистые» прозвища раньше переходили в фамилии с -ов, но здесь этого не произошло, что делает фамилию Скрепель редким свидетельством прямой записи прозвища в документы.