Фамилия Скрипаков образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе, в данном случае прозвищу Скрипак, добавили патронимический суффикс -ов. Суффикс -ак в основе указывает на человека по характерному действию или профессии: Скрипак — это тот, кто играет на скрипке. В старину это слово обозначало не столько профессионального музыканта в современном понимании, сколько любого человека, который умел играть на скрипке, часто бродячего музыканта или скомороха.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище не с музыкой, а с диалектным глаголом «скрипать» — скрипеть, издавать резкий звук. В этом случае Скрипаком могли назвать человека со скрипучим голосом или того, кто, например, ходил со скрипучей телегой. Однако музыкальное происхождение выглядит более прямым и логичным: фамилии, образованные от названий музыкальных инструментов и музыкантов (Гусаров, Баянов, Гудков), в русском ономастиконе хорошо известны.

Фамилия Скрипаков не относится к числу древних боярских или дворянских родов. Скорее всего, она возникла в среде крестьян или посадских людей, где прозвище закреплялось за человеком по его ремеслу или заметной черте. В документах фамилия встречается с XVII века, в основном в центральных и южных губерниях России. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на географическое происхождение, Скрипаков прямо говорит о занятии предка.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в одном ряду с такими однокоренными, как Скрипаль, Скрипка, Скрипкин. Но суффикс -ак придает основе оттенок просторечия: Скрипак звучало как «скрипач-народный, уличный», в отличие от более книжного «скрипач». Таким образом, предок носителя фамилии Скрипаков с высокой долей вероятности был музыкантом-самоучкой, веселившим народ на ярмарках и свадьбах.