Фамилия Скубацкая — женская форма фамилии Скубацкий, и её происхождение напрямую связано с украинской или польской ономастической традицией. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, эта фамилия образована по модели, характерной для шляхетских и мещанских родов Речи Посполитой, где суффикс -ский/-цкий указывал на принадлежность к местности или владению. В данном случае основа «Скубац-» скорее всего восходит к топониму: на территории современной Украины и восточной Польши существовали и существуют населённые пункты с корнем «Скуб-» — например, село Скубачи или урочище Скуба. Первым носителем фамилии Скубацкий мог быть человек, владевший таким хутором или выходец оттуда.

Если же отбросить топонимическую версию, есть и другая, более бытовая. В польском и украинском языках слово «скубати» означает «щипать, дёргать, теребить» (например, лён, шерсть или перья). Прозвище Скуба или Скубач давали человеку с беспокойным характером, тому, кто постоянно «теребил» окружающих, либо, наоборот, мастеру по обработке волокна — трепальщику льна. Фамилия Скубацкий могла возникнуть от такого прозвища с помощью того же суффикса принадлежности. Обе версии имеют право на существование, но первая (топонимическая) чуть более вероятна для фамилий на -цкий, которые в старину почти всегда указывали на географическую привязку.

Фамилия редкая, в дореволюционных метрических книгах встречается преимущественно на территории Волынской, Подольской и Киевской губерний — то есть там, где польское и украинское население веками жило рядом. В России фамилия Скубацкая почти не встречалась до XX века, а её появление в современных городах — результат миграций. Сословно носители могли быть как мещанами, так и мелкопоместной шляхтой, осевшей на земле: суффикс -цкий в этих краях не обязательно означал дворянство, он со временем стал просто маркером «человека из такого-то места».