Фамилия Скубаева — женская форма от Скубаев, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ев указывает на типичную русскую модель образования от прозвищ или имён, оканчивающихся на мягкий согласный или -й. В данном случае основа — «Скубай». Это редкое прозвище, и его происхождение неоднозначно, но наиболее правдоподобная версия связывает его с украинским или южнорусским диалектным глаголом «скубати» — «щипать, дёргать, теребить». В говорах слово «скубай» могло означать человека, который занимался щипанием шерсти, пеньки или льна — работа, распространённая в крестьянском быту. Прозвище могли дать либо по занятию (чесальщик волокна), либо по привычке нервно дёргать что-то руками (скубать бороду, одежду).

Есть и другая версия, менее вероятная: от тюркского корня со значением «быстрый, проворный» или «скакун». Но для фамилии, бытующей преимущественно в русскоязычной среде (особенно в центральных и южных регионах России), славянская основа выглядит убедительнее. Сравните с однокоренными фамилиями: Скуба, Скубко, Скубанов — все они, скорее всего, восходят к тому же глаголу «скубати».

Таким образом, предок носителя фамилии Скубаев — человек, которого в XVI–XVII веках прозвали Скубаем за конкретную работу или особенность поведения. Фамилия фиксируется в переписных книгах и документах, но не принадлежала знатным родам: это типичная крестьянская или посадская фамилия, распространённая в Тульской, Рязанской, Курской областях, а также среди украинских переселенцев. Встречается и вариант написания Скубаева с ударением на второй слог — это связано с местными говорами. Редкость фамилии делает её особенно ценной для генеалогического поиска: найти конкретную ветвь предков проще, чем в случае с распространёнными Ивановыми.