Фамилия Скубарева — женская форма от Скубарев, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Скубарь. Сразу бросается в глаза суффикс -арь, который в русских фамилиях встречается заметно реже, чем -ов или -ин, и обычно указывает на род занятий: бондарь, псарь, звонарь. Скубарь, скорее всего, тоже означало человека по профессии или характерному признаку.

Что такое «скубарь»? Самое прямое объяснение отсылает к глаголу «скубать» — дёргать, щипать, обрывать. В северных и сибирских говорах «скубать» означало теребить лён или коноплю, очищая волокно. Соответственно, скубарь — это работник, занятый этим трудоёмким делом: трепальщик льна. Фамилия могла закрепиться за крестьянином, чьей основной обязанностью была обработка волокнистых культур. В этом случае Скубаревы — потомки людей «льняного» ремесла, довольно распространённого в Нечерноземье.

Есть и другая, менее очевидная версия. В тех же говорах «скубать» могли говорить и про ощипывание птицы. Скубарь — тот, кто щиплет кур или гусей, возможно, работник на птичьем дворе. Третья гипотеза, уже из области прозвищ: «скубой» или «скубарём» в диалектах дразнили придирчивого, въедливого человека, который буквально «дерёт» с других, или же, наоборот, неряшливого, ободранного. Прямых подтверждений этой версии в словарях меньше, но она возможна.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России и Поволжью. Встречается в Вологодской, Архангельской, Костромской областях — как раз в зоне традиционного льноводства. Встречаются варианты написания через «о» — Скобарёв, что может указывать на акающее произношение, но корень «скуб-» (с «у») первичен и зафиксирован в памятниках письменности XVII века.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Скубарь добавили суффиск -ев (фонетический вариант -ов после мягкого «р»). Скубарев — буквально «сын Скубаря». Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или посадская, без дворянских корней — такие «ремесленные» прозвища редко поднимались выше податных сословий. Никаких громких исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что для массовой русской фамилии совершенно нормально.