Фамилия Скубаевы образована от прозвища или мирского имени Скубай. В её основе лежит древнерусский глагол «скубати» — драть, рвать, теребить, а также «щипать» (ср. украинское «скубати» — ощипывать птицу). Слово это активно бытовало в северных и центральных говорах, где «скубать» означало ещё и «чесать лён» или «дергать шерсть». Таким образом, прозвище Скубай могли дать человеку по роду занятий — тому, кто обрабатывал лён, трепал и теребил его, либо тому, кто занимался ощипыванием домашней птицы. В переносном смысле «скубай» — человек придирчивый, дотошный, «обдирающий» окружающих, но такая трактовка менее вероятна для прозвания, которое закрепилось как фамилия.

Модель образования типична для русских фамилий на -ев: к основе Скубай добавили патронимический суффикс, указывающий на принадлежность («чей?» — Скубаев, то есть сын Скубая). Фамилия встречается преимущественно в центральных областях России, особенно в Тверской и Ярославской губерниях, где лён был основной культурой. В этих местах «скубать» — вполне обыденное слово, и прозвище могло возникнуть независимо в разных деревнях. Интересная деталь: в некоторых говорах бытовала форма «скубач» (тот, кто скубёт), и от неё пошла фамилия Скубачёвы — родственная, но с другим суффиксальным оформлением.

Сословная принадлежность Скубаевых не прослеживается по одной фамилии: как и многие прозвищные фамилии, она могла возникнуть и у крестьян, и у посадских людей. В документах XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания Скубаевых среди крестьян Тверского уезда, что подтверждает «ремесленную» версию происхождения. Написание фамилии устойчиво, вариантов вроде «Скубаефф» или «Скубаевъ» встречаются редко — в основном в дореволюционных метрических книгах.