Фамилия Скубаковы образована по стандартной русской модели: от прозвища или мирского имени Скубак с помощью патронимического суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Скубаков — сын Скубака. Такая схема типична для большинства русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках в среде крестьянства, посадских людей и служилого сословия.

Основа фамилии — слово «скубак». В русских говорах «скубать» значит дёргать, теребить, выщипывать (например, скубать лён, скубать перья). Соответственно, Скубак — это человек, занятый скубанием: обработчик льна, ощипщик птицы, либо тот, кто отличается привычкой дёргать, теребить что-то руками. Прозвище могли дать и за манеру поведения — суетливому, беспокойному человеку, который постоянно «скубает» себя или окружающих.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «скуба» — тощий, худой человек (от скубый, скубенький). В некоторых областях «скубаком» называли скупого, жадного — от «скупить» в значении «скупиться». Однако первая версия — ремесленная — выглядит убедительнее, поскольку фамилии от названий занятий встречаются чаще, чем от черт характера.

Скубаковы — фамилия нечастая, но встречается в разных регионах: на Русском Севере (Архангельская, Вологодская области), в Сибири и в Поволжье. География подсказывает, что основание фамилии могло быть связано с традиционным крестьянским ремеслом: обработкой льна и конопли, где «скубание» — один из этапов. В северных говорах слово «скубать» особенно употребительно, что подтверждает северное происхождение фамилии.

Сравните с однокоренными фамилиями: Скубаев, Скубин, Скубков, Скубченко. Все они восходят к тому же глаголу или прозвищу, но различаются суффиксами и региональной привязкой. Скубаковы — пример фамилии, которая прямо называла занятие предка, без переносных значений и книжных корней.