Фамилия Скубанов — один из тех случаев, когда основа слова прозрачна, но её происхождение не лежит на поверхности. Если отбросить фамильный суффикс -ов, остаётся корень «скуб-», который сразу отсылает к глаголу «скубать» или «скубсти». В русских говорах это значит «щипать», «драть», «рвать», а в более узком смысле — «ощипывать птицу» или «теребить лён, шерсть». Человек, который занимался такой работой, мог получить прозвище Скубан — от основы настоящего времени того же глагола.

Образование фамилии типично для восточнославянской модели: прозвище на твёрдый согласный плюс -ов. Скубанов буквально означает «сын Скубана» или «потомок того, кого звали Скубаном». Суффикс указывает на русское, а не украинское или белорусское происхождение — там чаще встречались бы формы на -енко или -ук.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «скубан» в значении «скупой, прижимистый человек» (от «скубаться» — «жадничать»). В таком случае прозвище отражало бы черту характера, а не род занятий. Однако первая версия — ремесленная — выглядит убедительнее: прозвища по труду были массовыми и часто переходили в фамилии без изменений.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где было развито льноводство и домашнее птицеводство. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании исходного прозвища. В XIX веке носители фамилии фиксировались среди крестьян и мещан — сословная среда, где прозвища закреплялись за конкретными семьями.

В написании фамилии стоит обратить внимание на безударную гласную «у» в корне: её легко ошибочно заменить на «о» (Скобанов), но это уже другая фамилия, образованная от «скоба» — железной детали или прозвища плотника. Скубанов же остаётся в кругу «щипачей», «теребильщиков» и «ощипывателей» — людей, чья работа требовала терпения и ловких пальцев.