Фамилия Скубачев — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности или характеру, закрепилось в родовом имени. Её основа — слово «скуб» или «скуба», которое в диалектах русского языка означало «клок волос, космы, лохмы». Соответственно, Скубой называли лохматого, нечёсаного человека с торчащими в разные стороны волосами. В некоторых говорах у этого слова был и переносный смысл — «неряха», «растрёпа».

Модель образования проста и типична для восточнославянских фамилий: к основе «Скуб-» добавился суффикс принадлежности «-ач-» (как в Ткач, Рыбач), а затем типичный русский патронимический суффикс «-ев». Получается, что Скубачев — буквально «сын Скубача», то есть потомок человека, которого за лохматость прозвали Скубачом. Суффикс «-ач» придаёт основе усилительный, даже пренебрежительный оттенок: не просто лохматый, а тот, кто ходит вечно косматым.

Интересно, что в украинском и белорусском языках слово «скубати» означает «драть, рвать, щипать» (например, лён или перья). Если предок занимался обработкой льна или ощипыванием птицы, его могли прозвать Скубачем по ремеслу. Однако эта версия менее вероятна для русской фамилии с суффиксом «-ев»: такие профессиональные прозвища чаще давали в юго-западных землях, где фамилии образовывались иначе.

Географически фамилия Скубачев встречается в основном в центральных и северных областях России — там, где бытовали севернорусские говоры с корнем «скуб-» в значении «лохмы». Встречаются также однокоренные фамилии Скубов, Скубин, Скуба — все они восходят к тому же прозвищу. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта модель не выделяется отдельно, но логика словообразования полностью соответствует описанным им типам прозвищных фамилий.

Таким образом, Скубачев — это «внешностная» фамилия, которая, скорее всего, закрепилась за крестьянином или посадским человеком, получившим меткое прозвище за неопрятный вид. Никакого тайного смысла или благородного происхождения за ней не стоит — только живое народное наблюдение, ставшее фамильным именем.