Фамилия Скудябина — женская форма, а мужская, Скудябин, образована с помощью классического русского суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Скудябин буквально значит «сын Скудябы» или «человек из рода Скудябы». Сама основа Скудяба — это прозвище, и вот с его происхождением всё интереснее.

Самая вероятная версия связывает прозвище с диалектным словом «скудяба». В северных и сибирских говорах так называли скупого, жадного или прижимистого человека. Слово одного корня с «скудный» — бедный, скудный. Прозвище могли дать либо очень бережливому хозяину, либо, наоборот, тому, кто жил в нужде. Такие «антиэстетичные» прозвища в русской среде были обычным делом: они не обязательно несли оскорбительный смысл, а просто служили яркой характеристикой человека.

Есть и более редкая версия: Скудяба — вариант прозвища Скудеба или Скудельба, связанного со словом «скудель» (глина, глиняный горшок, а также нечто хрупкое, бренное). В этом случае предок мог быть гончаром или, в переносном смысле, получить прозвище за хрупкое телосложение. Однако эта гипотеза менее убедительна, так как в русской ономастике вариант с корнем «скуд-» (скупость, бедность) встречается чаще и имеет больше диалектных подтверждений.

Географически фамилия Скудябин (и Скудябина) редкая, её очаги зафиксированы в Поволжье и на Урале — в областях, где активно бытовали северорусские говоры. Это косвенно подтверждает первую, диалектную версию происхождения. Никаких данных о дворянском или крестьянском сословии носителей нет, но суффикс -ин указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где отчество на -ин было нормой, то есть среди крестьян и посадских людей.