Фамилия Скуфина — женская форма, а её мужской вариант — Скуфин. В русской традиции такие фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывают на принадлежность: «чей?» — Скуфин, то есть сын или потомок Скуфы. Сама основа «Скуфа» — это прозвище, и его происхождение ведёт нас в диалектную лексику северных и центральных областей России.

Слово «скуфа» (или «скуфья») в русских говорах имело несколько значений. Прежде всего, это шапка, головной убор, в том числе монашеская шапочка. В более широком бытовом смысле «скуфьёй» могли назвать небрежно надетую, сбитую набок шапку или даже лысую голову. Отсюда прозвище Скуфа мог получить человек, который постоянно носил такой головной убор, был лыс или имел привычку сдвигать шапку набекрень. В ономастике подобные прозвища по деталям одежды или внешности — один из самых распространённых источников фамилий.

Вторая, менее очевидная версия связывает прозвище с глаголом «скуфить» — в некоторых говорах это означало «скупиться», «жадничать». В таком случае Скуфой прозвали прижимистого, расчётливого человека. Однако эта версия менее убедительна, так как глагол редок, а связь с «шапкой» более прозрачна и типологически подтверждена множеством фамилий (Шапкин, Колпаков, Чепелёв).

Интересно, что фамилия Скуфин не имеет распространённого суффикса -ов, что характерно для прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный. Но основа «Скуфа» (с окончанием -а) естественным образом даёт форму на -ин. Фамилия встречается в основном в северных и вологодских землях, где слово «скуфья» было в ходу, и в среде старообрядцев, где этот головной убор имел особое значение. Таким образом, предок Скуфиных — это, скорее всего, человек, которого в деревне знали по характерной шапке, либо, что реже, по скуповатому нраву.