Фамилия Скуфьина — женская форма, а мужская — Скуфьин. Она образована от прозвища или мирского имени Скуфья. В основе лежит слово «скуфья» — так в старину называли небольшую круглую шапочку, головной убор православного духовенства и монахов. Слово пришло из греческого языка, где skouphos означало «головной убор». Прозвище Скуфья мог получить человек, который постоянно носил такой головной убор — либо по роду службы (церковнослужитель, монах), либо по привычке, либо из-за внешнего сходства: например, лысый или с круглой головой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Скуфьин — «сын Скуфьи» или «человек из семьи Скуфьи». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу (Иван — Иванов), -ин чаще закреплялся за прозвищами, особенно в северных и центральных губерниях России.

Встречается и редкий вариант написания — Скуфин, без мягкого знака, но он не меняет смысла. Ономастический словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к группе «семинарских» — то есть искусственно созданных в духовных училищах по названиям церковных реалий. Однако для Скуфьина это не обязательно: прозвище могло возникнуть и в крестьянской среде, где скуфью знали как любую шапку-круглую простую форму.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных переписях её носители фиксировались в основном в центральных губерниях — Московской, Тверской, Ярославской. Встречается и у старообрядцев, у которых скуфья была частью традиционного одеяния. Сейчас фамилия остаётся малораспространённой, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Скуфьина, скорее всего, ваши предки происходят из узкого круга семей, связанных с церковной или монастырской средой.