Фамилия Скумина — женская форма, а её мужской вариант — Скумин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Скума, которое, скорее всего, связано с глаголом «скумить» — в русских говорах это означало «скупиться», «жадничать», а также «плакать, хныкать» (от скуки или обиды). В некоторых диалектах «скума» — тот, кто постоянно ноет или жалуется. Таким образом, прозвище давали либо человеку прижимистому, либо капризному и плаксивому.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: к основе на -а (Скума) прибавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Скумин, то есть сын Скумы). Суффикс -ин в русских фамилиях встречается реже, чем -ов/-ев, и обычно крепится к основам на -а или -я. В этом смысле фамилия Скумин стоит в одном ряду с Голицын, Птицын или Пушкин — все они образованы по той же модели от прозвищ или имён, оканчивающихся на гласный.

Географически фамилия Скумин (и Скумина) встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях, где диалектное слово «скумить» было хорошо известно. В южных регионах она редка. Сословно фамилия могла принадлежать как крестьянам, так и мещанам — прозвищные фамилии на -ин не были закреплены за какой-то одной социальной группой.

Есть и более редкая, альтернативная версия: происхождение от финно-угорского корня, например, от карельского «skum» — «пена» или «накипь». Но она слабо подтверждена, так как в русских говорах слово «скума» фиксируется именно в значении «скупость» или «плач», и именно эта этимология кажется основной.