Фамилия Скульбедина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, «скульбед-», не встречается в современных русских словарях, а значит, перед нами либо диалектное прозвище, либо искажённое заимствование.

Самый вероятный путь — связь с литовским или латышским языками. В балтийских языках есть основа «skulb-» (от «skulbti» — «долбить», «выдалбливать») и «bed-» (от «bedti» — «копать»). Соединяясь, они могли дать прозвище человеку, который занимался долблением или копанием — возможно, плотнику, землекопу или мастеру по изготовлению деревянных лодок-однодеревок. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — сын Скульбеды. Такая модель типична для прозвищных фамилий, где основой служит личное прозвище, а не крестильное имя.

Вторая версия, менее убедительная, выводит фамилию от славянского «скула» (скула, щека) с диалектным наращением «-беда». Но семантика получается натянутой: «человек со скупой щекой» — маловероятно для прозвища.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России — Псковской, Новгородской, Ленинградской областям, где исторически сильны балтийские влияния. Встречается она крайне редко, что подтверждает её локальное, возможно, даже угасшее происхождение. Носитель такой фамилии с высокой вероятностью происходил из крестьянской или ремесленной среды Псковщины или приграничных с Литвой земель.

С точки зрения словообразования, интересен суффикс «-ед-» в середине: он редок для русских прозвищ и скорее характерен для балтийских заимствований. Если бы фамилия была чисто славянской, мы бы ожидали форму «Скульбин» или «Скульбеев». Наличие «-ед-» — дополнительный аргумент в пользу литовского или латышского корня.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет, что делает Скульбедину уникальным ономастическим пазлом. Встречается также вариант Скульбедин, без окончания -а, но это скорее мужская форма той же фамилии.