Фамилия Скутане звучит настолько нехарактерно для русского уха, что её происхождение почти наверняка лежит за пределами славянского мира. В русской традиции фамилии с окончанием на -е встречаются крайне редко и обычно указывают на иноязычное заимствование. Скорее всего, перед нами русифицированная форма латышской или литовской фамилии.

Вероятнее всего, основа «Скута» восходит к латышскому слову skuta — «кора» или «струп», либо к глаголу skut — «брить», «скоблить». В таком случае прозвище Skuta могло относиться к человеку с грубой, шелушащейся кожей или, напротив, к чисто выбритому. В литовском языке есть созвучное skutėti — «чесаться», «зудеть», что тоже могло стать источником прозвища.

Фамильный суффикс -е в прибалтийских фамилиях — обычное окончание в именительном падеже мужского рода (ср. латышские Berze, Kalve). При переносе в русскую среду окончание могли сохранить, не переделывая в привычное -ов или -ин, что часто происходило с фамилиями остзейских немцев, латышей и литовцев, переселившихся в глубь России в XIX — начале XX века.

Таким образом, носитель фамилии Скутане — это, скорее всего, потомок выходца из Прибалтики, получившего прозвище по внешнему виду или занятию, связанному с бритьём, скоблением или обработкой коры. Географически фамилия должна встречаться в западных регионах бывшей Российской империи, а также в местах переселения латышей и литовцев в Сибирь и Казахстан в ходе столыпинской аграрной реформы.