Фамилия Смахталин — одна из тех, что хранит в себе память о прозвище или профессии, причём корень у неё довольно редкий. В основе лежит слово «смахтать» или «смахта», которое в русских говорах, особенно на юге и юго-востоке, означало «сбить, сколотить наспех», «сделать кое-как», а также относилось к сбиванию масла или сметаны. Человек по прозвищу Смахта — это либо торопливый, неаккуратный работник, либо, наоборот, тот, кто сбивал масло (маслобойщик). Второе значение правдоподобнее: в крестьянской среде прозвища по ремеслу давали чаще, чем по отрицательным чертам.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Смахталин буквально означает «сын Смахты» или «из семьи Смахты». По модели это типичная фамилия-патроним, образованная от прозвища, а не от крестильного имени. В отличие от фамилий на -ов (Смахталов), форма на -ин характерна для основ, оканчивающихся на -а или -я, и в XIX веке была более распространена в северных и центральных губерниях России, хотя встречалась повсеместно.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» прямого упоминания Смахталина нет, но модель с корнем «смахт-» хорошо вписывается в ряд профессиональных прозвищ, связанных с обработкой молока: Сметанин, Маслов, Творогов. Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами России и не имеет очевидных иноязычных параллелей, что говорит о её чисто русском, диалектном происхождении.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы связать корень с украинским «смахтати» (сбивать, смахивать), но это лишь подтверждает общую славянскую основу. Версия о происхождении от тюркского или финно-угорского слова слабая — для неё нет ни фонетических, ни исторических оснований. Так что, скорее всего, предок носителя фамилии Смахталин был либо маслоделом, либо человеком, которого за быстроту и сноровку прозвали Смахтой. В любом случае, фамилия редкая и хорошо сохранила живую связь с народным говором.