Фамилия Смахтинов — одна из тех, что хранит в основе неочевидное прозвище. Её ядро — «смахтин», а это, скорее всего, форма от слова «смахтать»: в русских говорах так говорили про быстрое, небрежное действие — сбить, сболтать, сляпать наспех. Человек, получивший такое прозвище, мог быть торопыгой, делающим всё кое-как, или, напротив, тем, кто ловко «смахивал», то есть быстро управлялся с делом. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным «смахта» — так в некоторых областях называли сметану или маслобойку, но тогда прозвище относилось бы к молочнику или торговцу.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей сын?» — Смахтина. Это типичная русская модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на согласный. В отличие от фамилий на «-ов», где основа чаще мужского рода, здесь исходное слово «смахтин» само было притяжательным прилагательным от прозвища Смахта. То есть фамилия прошла двойную обработку: сначала человека прозвали Смахтой (от «смахтать»), а потом его потомков записали как Смахтиновы.

Фамилия редкая и географически привязанная. Основные очаги её бытования — юг России, особенно Ростовская область и Краснодарский край, а также отдельные районы Центрального Черноземья. В дореволюционных переписях она почти не встречается за пределами этих мест, что говорит о локальном происхождении: прозвище могло закрепиться в одной-двух деревнях, а затем разойтись с переселенцами. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования с корнем «смах-» не выделены отдельно, но модель полностью укладывается в описанный им пласт прозвищных фамилий от глаголов движения и действия.

Сходные по звучанию фамилии — Смахтин, Смагин, Смакотин — не родственны Смахтинову. Смагин происходит от «смага» (жар, огонь или жадность), а Смакотин — от «смак» (вкус). Смахтинов же стоит особняком: его основа грубее, бытовее, и это выдаёт в предке не ремесленника или крестьянина с определённым занятием, а человека, получившего уличное прозвище за манеру поведения. В сословном плане носители фамилии почти наверняка были крестьянами или однодворцами — в дворянских родословных книгах Смахтиновы не значатся.