Фамилия Смалайкина — женская форма, а её мужской вариант — Смалайкин. В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Смалайка. Чтобы разобраться в его происхождении, нужно заглянуть в диалектную лексику северо-запада России.

Корень «смал-» здесь, скорее всего, связан с глаголом «смалить» — в псковских и тверских говорах это означало «жечь, палить, опаливать» (например, смалить свиную тушу после забоя, чтобы удалить щетину). Соответственно, Смалайкой могли прозвать человека, который занимался опаливанием туш — своего рода мясника или скорняка на раннем этапе обработки шкур. Вторая версия, менее вероятная, отсылает к слову «смала» в значении «смола»: тогда прозвище мог получить смолокур или тот, кто пачкался смолой. Но глагольная основа выглядит убедительнее, ведь суффикс «-айк-» в русских прозвищах часто образует имена по действию (ср. «гуляй», «стреляй»).

Суффикс «-ин» в окончании фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Смалайкин, то есть сын или потомок Смалайки. Такая модель характерна для центральных и северных регионов России, в отличие от южных фамилий на «-енко». Географически фамилия Смалайкина редкая и встречается преимущественно в Псковской области и прилегающих районах — это совпадает с ареалом бытования слова «смалить» в значении «жечь».

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Смалайкина стоит в одном ряду со Смагиным, Смальковым и Смальцевым. Но Смалайкина выделяется редким суффиксом: «-айк-» в фамилиях встречается нечасто, чаще он даёт прозвища, которые потом не закрепились в официальной антропонимии. То, что фамилия сохранилась, говорит о её укоренённости в конкретной местности.

Сословно предки Смалайкиных, вероятнее всего, были крестьянами или ремесленниками. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно было бы найти упоминания о Смалайках в псковских пятинах, но точных записей на публичных ресурсах нет. Для носительницы фамилии это значит, что её предки жили на северо-западе Руси и, скорее всего, имели отношение к обработке скота или смолокурению — ремёслам, которые кормили семью из поколения в поколение.