Фамилия Смаргунова — женская форма от Смаргунов, и её основа неочевидна на первый взгляд. В русских фамилиях суффикс -ов (-ев) указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Смаргуна. Значит, ключ к происхождению — прозвище Смаргун.

Самая вероятная версия связывает Смаргуна с диалектным глаголом «смаргать» или «смаргнуть». В псковских и тверских говорах это означало «моргать», «щуриться», «смотреть прищурясь». Человек, который постоянно щурился или моргал, мог получить прозвище Смаргун — по характерной привычке или из-за слабого зрения. Словообразовательная модель проста: глагольная основа + суффикс -ун, характерный для прозвищ по действию (ср. Болтун, Молчун, Скакун). Таким образом, Смаргун — это «моргун» в местном произношении.

Менее убедительна связь с литовским или белорусским корнем. В литовском «smarkus» значит «сильный, бойкий, резвый», а в белорусском есть слово «смаргонь» — «смородина». Фамилия Смаргонь (и её производные) действительно встречается в Беларуси, особенно в районе города Сморгонь, название которого, впрочем, имеет другую этимологию. Но для фамилии Смаргунов такое объяснение — натяжка: суффикс -ун в славянских фамилиях почти всегда указывает на деятеля, а не на ягоду или географическое название. Поэтому версия с «моргуном» выглядит естественнее и подтверждается живой диалектной лексикой.

Фамилия редкая и, скорее всего, имеет северо-западное русское происхождение — из области, где бытовал глагол «смаргать». Встречается она в основном на Псковщине, в Новгородской области и в прилегающих районах Беларуси, где русские говоры смешивались с белорусскими. Сословных перегородок у неё не было: прозвище Смаргун могли дать и крестьянину, и ремесленнику, и служилому человеку — за глаза, которые он «смаргал» от солнца или со сна.