Фамилия Смаргун — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она напоминает громкую фамилию Соргун или Сморгун, но её корень, скорее всего, не связан с глаголом «сморгнуть» (моргнуть). В русской ономастике фамилии на -ун обычно образованы от глаголов и обозначают человека по характерному действию: говорун, ворчун, молчун. Смаргун могло бы значить «тот, кто смаргивает», но это маловероятно — слишком узкое и неестественное для прозвища действие.

Гораздо правдоподобнее версия, что Смаргун — это вариант фамилии Сморгун, которая восходит к украинскому или белорусскому слову «сморг» или «сморгати». В диалектах «сморгати» означало «сдирать, обдирать», а «сморг» — «ободранная кожа, шкура». Такое прозвище мог получить кожевник, скорняк или человек, занимавшийся выделкой шкур. Переход «о» в «а» (Сморгун → Смаргун) — типичное явление для южнорусских и украинских говоров, где в безударной позиции звуки смешиваются. Таким образом, предок носителя фамилии Смаргун, вероятно, был ремесленником, обрабатывавшим кожу.

Суффикс -ун в данном случае не уменьшительный, а указывает на деятеля: «тот, кто сморгает» — то есть обдирает. Модель образования — отглагольное прозвище без дополнительных суффиксов, что характерно для украинской и белорусской антропонимии (сравните: Крикун, Скакун). Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, встречаясь в основном в западных областях России, а также в Беларуси и на Украине. В письменных источниках XVIII–XIX веков можно найти следы обеих форм — Сморгун и Смаргун, что подтверждает их родство.

Если ваша фамилия Смаргун, то с высокой долей вероятности ваши предки были кожевниками или скорняками в южнорусских или белорусских землях. Впрочем, нельзя полностью исключать и вариант с редким личным именем Смарг (возможно, от литовского smarkus — «резвый, бойкий»), но это уже область предположений без надёжных подтверждений.