Фамилия Смольнинова — женская форма, а её мужской вариант Смольнинов. Оба образованы по типичной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Смольнинов, то есть потомок человека по прозвищу или фамилии Смольнин, Смольняк или Смольник.

Основа фамилии — корень «смоль-», который в русских говорах имеет несколько значений. Самое прямое — смола, смолистое вещество. Отсюда «смольник» — человек, который добывает смолу, занимается смолокурением, или же тот, кто живёт в местности, богатой смолистыми деревьями (сосной, елью). Второе значение — прозвище по внешнему признаку: «смольный» — черный, как смоль, то есть темноволосый, чернобровый. Третье, менее распространённое, — географическое: Смольный — историческое название местности в Петербурге (от Смольного двора, где варили смолу для кораблей), но для фамилии Смольнинова связь с этим топонимом маловероятна: двор возник в XVIII веке, а фамилии крестьян и посадских людей с корнем «смол-» фиксируются гораздо раньше.

Суффикс -ин- в фамилии Смольнинова (а не просто Смольнов) — редкая деталь. Он мог возникнуть из-за того, что исходная основа оканчивалась на -ня: «Смольня» (прозвище от «смольня» — смоляной человек). Тогда «Смольнин» — сын Смольни, а Смольнинов — уже вторичное образование, где к фамилии на -ин добавили ещё один патронимический суффикс -ов. Такая двойная модель встречается в северных и сибирских говорах, где фамилии часто «утяжеляли» суффиксами. Альтернативное объяснение проще: основа — «Смольник», и тогда Смольнинов — это «сын Смольникова», где -ик перешло в -ин- перед -ов.

Носители фамилии Смольниновы исторически — скорее всего, крестьяне или ремесленники из центральных и северных губерний России, где смолокурение было распространённым промыслом (Вологодская, Архангельская, Костромская, Новгородская губернии). Прозвище Смольняк или Смольник мог получить как черноволосый человек, так и тот, кто пачкался в смоле на работе. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне Смольниковы, а форма Смольнинов — более поздняя и локальная, встречается реже.

Таким образом, ваша фамилия — профессиональная или прозвищная, с чёткой привязкой к смолокуренному делу или внешности. Двойной суффикс делает её нестандартной: она не так частотна, как Смольников или Смольянинов, но именно это придаёт ей историческую характерность.