Фамилия Смутная — редкий пример «прозвищной» фамилии, которая застыла в женской форме. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, она образована напрямую от прилагательного «смутная» и, скорее всего, закрепилась за женщиной или вдовой, чей муж был известен под этим прозвищем, либо за человеком, которого в быту так и называли — без переделки в мужской род.

Корень — «смут-», родственный словам «смута», «смутный», «смутиться». В древнерусском языке «смутный» означало не только «тревожный, неясный», но и «мятежный, бунтующий». Прозвище Смутной могли дать человеку беспокойному, зачинщику ссор, или же тому, кто жил в Смутное время (начало XVII века) и как-то был с ним связан — например, пережил разорение или участвовал в событиях. Вторая возможная трактовка — внешняя: «смутный» как «смуглый, темнолицый» (от древнего «смуглый»). В южнорусских говорах «смутный» иногда значило «грустный, задумчивый».

Географически фамилия почти не встречается в центральных и северных регионах России. Основные очаги — юг, в частности, Ростовская область и Краснодарский край, а также исторические территории Украины. Там прозвища в форме кратких прилагательных (Смутный, Смутная) дольше сохранялись в быту и легче переходили в фамилии. В списках казачьих родов Войска Донского можно найти носителей прозвища Смутной — донские казаки часто фиксировали именно такую модель.

Словообразовательная модель необычна: суффикс -ая не типичен для русских фамилий, которые обычно склоняются по мужскому роду. Фамилии на -ая характерны для украинской и белорусской традиции (Тягнибок, Шевченко — с иной грамматикой), а в русском языке встречаются в основном на Севере (Гладких, Долгих) или в виде застывших прилагательных. Смутная — как раз такой редкий случай, когда фамилия не стала «мужской» и сохранила форму женского рода в именительном падеже. Это может говорить о том, что первым носителем документа была женщина, либо фамилию записывали в церковных книгах «как слышалось», без приведения к стандарту.

В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не упоминается — она слишком редка для обобщающих трудов. Но по аналогии с однокоренными (Смутнев, Смутов) можно уверенно говорить, что основа восходит к тому же кругу значений: от «смуты» как раздора до «смутного» как неясного, туманного.