Фамилия Смутнев — редкий случай, когда корень слова не уводит в тёмные времена Древней Руси, а отсылает к относительно позднему историческому периоду. Основа здесь — прилагательное «смутный», но не в современном бытовом смысле («неясный, тревожный»), а в значении, которое закрепилось за Смутным временем начала XVII века. Человек, получивший прозвище Смутень или Смутной, мог быть либо непосредственным участником тех событий, либо — что вероятнее — родиться в разгар Смуты и получить имя-напоминание о лихолетье. Такие «календарные» прозвища, привязанные к историческим вехам, в русской антропонимии встречаются, хотя и нечасто.

Словообразовательная модель стандартна для восточнославянских фамилий: суффикс -ев присоединился к основе Смутн-. Форма Смутнев означает «сын Смутного» или «принадлежащий Смутню». Важно, что суффикс -ев, а не -ов, указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или — в редких случаях — на шипящий. В данном случае конечный звук корня [н'] стал мягким благодаря суффиксу -н-, что и дало типичное окончание -ев.

В отличие от более распространённых фамилий, образованных от личных имён (Иванов, Петров) или профессий (Кузнецов, Мельников), Смутнев стоит особняком. Она не указывает на ремесло или внешность предка, а фиксирует память о семейной истории, связанной с катастрофическим для государства периодом. Географически фамилия встречается разрозненно, без ярко выраженного гнезда — это говорит о том, что прозвище давали не в одном регионе, а в разных местах, где помнили о Смуте. Вариант написания с двумя «т» (Смуттнев) — ошибка, этимологически верна только форма с одним «т», так как корень «смут-» (от «смута») не удваивает согласную.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Смутин, Смутов, Смутьянов — показывает, что все они восходят к тому же смысловому гнезду, но Смутнев сохранил самую прямую связь с прилагательным «смутный» и историческим контекстом. Носитель этой фамилии может с высокой долей уверенности предполагать, что его предок жил на Руси в первой половине XVII века и получил прозвище, которое тогда было не просто меткой, а диагнозом эпохи.