Фамилия Соенкова — женская форма, а её мужской вариант — Соенков. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не на окончание -а, а на корень и суффикс. Основа здесь — Соенк-, и это сразу указывает на необычную модель образования. В русских фамилиях суффикс -к- редко присоединяется напрямую к основе без промежуточного уменьшительного суффикса. Чаще встречаются формы вроде Сонин (от Соня) или Сонькин.

Самая вероятная версия: Соенков — это вариант фамилии Соньков или Сонин, где корень «Сон-» восходит к уменьшительной форме имени Соня. Соня в свою очередь — это краткая форма от Софья (греческое «мудрость») или реже от Анисья (греческое «исполнение»). Но зачем тогда лишняя буква «е»? Скорее всего, это результат народной этимологии или диалектного произношения. В некоторых говорах, особенно в южнорусских и белорусских, гласный после мягкого согласного мог звучать как «ё» или «е», а на письме закреплялся вариант Соенков вместо Соньков. То есть предок мог быть просто Соней, а фамилию записали на слух как Соенков.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с прозвищем Сойка. Птица сойка известна ярким оперением и голосистостью; такое прозвище могли дать бойкому, нарядному или крикливому человеку. В этом случае фамилия прошла бы путь Сойка → Сойкин → Сойенков (с диалектной заменой «й» на «е») и далее упростилась до Соенков. Однако эта гипотеза слабее, потому что цепочка получается слишком длинной и требует лишних допущений.

Географически фамилия Соенковы встречается нечасто. Основные очаги — центральные области России, особенно Курская, Орловская и Тульская губернии, где диалектные черты произношения наиболее ярки. В переписных книгах XVII–XVIII веков эта фамилия не фиксируется, что говорит о её более позднем формировании — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по отчеству или прозвищу. Сословно предки Соенковых, вероятно, были крестьянами или мещанами, а не дворянами: у дворянских родов фамилии обычно имеют суффиксы -ов/-ев и -ин, но без промежуточного -к-.

Коротко: ваш предок по мужской линии, скорее всего, носил имя Соня (от Софья) или прозвище Сонька, а фамилию записали на местный диалектный манер — Соенков. Никакой тайны или редкого корня здесь нет, просто живая народная фонетика.