Фамилия Софейкина в своей основе почти наверняка хранит память о женском имени Софейка — ласковой, домашней форме канонического имени София. Само имя пришло на Русь вместе с христианством из Византии, а его греческий корень означает «мудрость», «мудрая». Для наших предков это имя было не просто красивым звучанием: за ним стояли конкретные святые заступницы, которых почитали в народе. В святцах есть и мученица София-врачевательница (день памяти — 4 июня), и преподобная София (17 июня), и преподобная София, в миру Соломония (29 декабря), и праведная София Чудотворица (31 декабря). Так что, называя дочь Софейкой, родители отдавали её под покровительство сразу нескольких небесных покровительниц.

Впрочем, есть и вторая версия, которую ономасты не сбрасывают со счетов. Софейка вполне могла быть уменьшительной формой от мужского имени Софоний. Это имя древнееврейского происхождения, и переводят его как «Господь сокровенный». В русской традиции имя Софоний встречалось в монашеской среде и среди духовенства, хотя и не было повсеместно распространённым. Если это так, то родоначальником фамилии был не отец, а мать семейства, и фамилия закрепилась за её потомками.

Сам механизм появления фамилии типичен для русской ономастики. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Софейкина означает «дочь (или жена) Софейки». Такая модель была одной из самых распространённых в XV–XVII веках, когда фамилии только начинали оформляться. Сначала прозвище или уменьшительное имя закреплялось за конкретным человеком в быту, затем переходило к его детям, а уже потом, спустя поколения, превращалось в родовое прозвание. Поэтому сказать точно, в каком именно уезде или в каком веке возникла конкретная ветвь Софейкиных, без обращения к архивным документам и генеалогическим изысканиям невозможно. Но само имя-основа говорит о том, что предки носительниц этой фамилии были людьми верующими и следовали традиции называть детей в честь почитаемых святых.