Фамилия Софейкин образована от имени Софейка — так в быту могли называть и мужчину, и женщину, и от этого зависит, какую версию происхождения считать основной. Чаще всего Софейку связывают с производной формой крестильного женского имени София. Оно пришло из греческого языка и переводится как «мудрая». В христианской традиции это имя прославлено несколькими святыми: мученицей Софией врачевательницей (память 4 июня), преподобной Софией (17 июня), преподобной Софией, в миру Соломонией (29 декабря) и праведной Софией Чудотворицей (31 декабря). Если предком был человек по имени Софейка, то его потомки, дети или внуки, получали отчество, которое затем закрепилось как фамилия.

Но есть и вторая версия, которую нельзя отбрасывать. Имя Софейка могло быть народной формой мужского имени Софоний. Оно имеет древнееврейские корни и означает «Господь сокровенный». Такое имя встречалось в святцах, хотя и реже, чем София. В разговорной речи окончание -ейка легко могло закрепиться за Софонием, тем более что русская традиция охотно укорачивала длинные церковные имена. Таким образом, фамилия Софейкин в равной степени могла возникнуть и от женского, и от мужского личного имени.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Софейкин буквально значит «сын Софейки» или «человек из рода Софейки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я. Поскольку имя Софейка звучало ласково и обиходно, фамилия, скорее всего, сформировалась в крестьянской или мещанской среде, где отчества от уменьшительных форм были обычным делом. У дворянских родов чаще встречались фамилии от полных канонических имён.

Встречаются и родственные фамилии — Софейкин, Софейский, Софьин, Софонов. Они восходят к тем же основам, но с разными суффиксами. Софейкин — одна из тех фамилий, где по написанию трудно сразу сказать, мужское или женское имя легло в основу. Это делает её особенно интересной для семейного поиска: если в родословной найдётся запись о Софейке, стоит проверить, не был ли это Софоний.