Фамилия Стафутин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самая вероятная версия связывает её с диалектным словом «стафу́т» или «стафу́тина». В некоторых русских говорах, особенно в сибирских и северных, так называли грубого, неповоротливого человека, увальня. Прозвище Стафут мог получить медлительный или неряшливый мужчина, а его потомки стали Стафутиными. Слово это, скорее всего, тюркского корня, проникшее в русскую речь через контакты с кочевыми народами.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей сын?» — Стафутин, то есть сын Стафута. Такая форма характерна для фамилий, произошедших от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный или -а/-я (сравните: Пушкин — от Пушка, Ильин — от Илья). Суффикс -ов здесь был бы уместен, если бы основа кончалась на твёрдый согласный, но форма Стафутов в источниках не встречается — это говорит о том, что прозвище, вероятно, бытовало в форме Стафута или что фамилия закрепилась именно в севернорусской или сибирской традиции, где -ин более распространён.

Географически фамилия тяготеет к восточным регионам России. Встречается в Забайкалье, Сибири, на Урале. Есть основания предполагать, что предки носителей фамилии могли быть крестьянами-переселенцами или казаками. В документах XIX века Стафутины упоминаются среди забайкальских казаков, что косвенно подтверждает связь с сибирским диалектом. Альтернативная версия, выводящая фамилию от греческого имени Стафис или Стафий (виноград), выглядит искусственной и не находит подтверждения ни в письменных источниках, ни в ареале распространения.

Однокоренных фамилий немного: встречаются Стафутов, Стафутинский, но все они ещё более редки. В целом, фамилия Стафутин — яркий пример того, как прозвище, данное по характеру или поведению, закрепилось в качестве родового имени, сохранив отголосок местного говора.