Фамилия Стафутина — женская форма фамилии Стафутин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, чтобы понять корни. Основа фамилии — «Стафут» — это, скорее всего, прозвище или производное от имени. В русском языке суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Стафутин, то есть потомок человека по прозвищу Стафут.

Самая вероятная версия происхождения прозвища — от диалектного слова «стафут» или «стафута». В некоторых северных и сибирских говорах так называли неуклюжего, неповоротливого человека, либо, наоборот, упрямого и своенравного. Слово могло быть заимствовано из финно-угорских языков, где похожие корни означают «толстый», «грузный», что подтверждает региональную привязку фамилии. Встречается она в основном в Архангельской, Вологодской областях и на Урале — там, где исторически было смешение славянского и финно-угорского населения.

Менее правдоподобная, но возможная версия — связь с греческим именем Стафут (Стефан в народной обработке), но для этого нет убедительных лингвистических доказательств: фамилия слишком редкая и локализованная, чтобы быть результатом книжного влияния. Скорее всего, предок носителя фамилии получил прозвище за внешность или характер, а потомки закрепили его как родовое имя.

По сословной принадлежности сказать что-то определённое сложно: фамилия не дворянская и не купеческая, её носители в исторических записях — в основном крестьяне и мещане из северных губерний. Сам суффикс «-ин» типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ на согласный, что делает Стафутина рядовым, но не тривиальным примером народной ономастики.