Фамилия Стафина — женская форма, а мужская, Стафин, встречается реже и в основном в северных и центральных областях России. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Стафа, которое могло быть производным от греческого имени Евстафий (в просторечии — Остап, Стахей) или от слова «стафида» — так в южных говорах называли сушёный виноград, изюм. Второй вариант правдоподобнее: прозвище Стафа могли дать торговцу сладостями, виноделу или человеку, любившему лакомиться изюмом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Стафин — «сын или человек Стафы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, где основа чаще всего мужского рода, -ин закрепляется за основами на гласный, что делает Стафина вполне традиционной по словообразованию.

Интересная деталь: в псковских и новгородских говорах «стафа» могло означать не только изюм, но и вообще сушёные фрукты или даже вяленую рыбу. Если предок жил у водоёма и промышлял сушкой улова, прозвище могло закрепиться за ним именно в этом значении. Таким образом, носитель фамилии мог быть либо мелким торговцем, либо рыбаком, либо человеком с прозвищем, данным за любовь к сладкому.

Фамилия не относится к числу распространённых дворянских — скорее всего, она крестьянская или мещанская. В метрических книгах XIX века Стафины встречаются в Вологодской, Костромской и Архангельской губерниях, что подтверждает северное происхождение. В современной России фамилия редкая, но не исчезнувшая.